Pada tahun 1925, Habib Bourguiba bertemu isterinya Mathilde Lorrain di Paris yang sedang menuntut jurusan undang- undang di Sorbonne. Isterinya bertukar kepada Islam dan memilih nama Moufida Bourguiba. Dia melahirkan seorang anak lelaki: Habib Bourguiba Jr pada bulan April 1927. Beliau berkahwin lagi dengan Wassila Ben Ammar dan mendapat seorang anak perempuan, Hajer Bourguiba.Bourguiba meninggal dunia pada 6 April 2000 pada usia 96 tahun. Beliau telah dikebumikan dengan penuh penghormatan negara pada 8 April 2000 di Makam Monastir.